Війна вкрай негативно позначилась на збереженні як архітектурного ансамблю Києво-Печерського заповідника, так і його підземного господарства. Було пошкоджено протизсувні споруди, що призвело до порушення режиму відводу поверхневих і ґрунтових вод, появи просадок і провалів, активізації зсувних процесів на схилах і т. ін.
У повоєний період обидва лабіринти печер ще тривалий час знаходились в аварійному стані. Під загрозою перебувало життя ченців і віруючих, які відвідували печери.
Не останню роль у цьому відіграло загальне загострення зсувної ситуації на схилах Дніпра, особливо на території Дальніх печер, де 1946 року стався великий зсув.
Заповідник відновив свою діяльність невдовзі після визволення Києва. У повоєний період почали розчищу-вати територію та відновлювати ушкоджені пам’ятки й будівлі, а головне — розбирати руїни Успенського собору. Одночасно велася експозиційна робота, археологічні дослідження на Верхній території. У Києво-Печерський заповідник знову нахлинули маси прочан і туристів не тільки з усіх куточків велетенського Радянського Союзу, а й з усього світу.
Монастир на Нижній території проіснував до 1961 року, коли Києво-Печерський заповідник закрили для відвідувань з причини проведення ремонтно-реставраційних робіт і для боротьби зі складною зсувною ситуацією. Цього ж року ченців розселили по різних монастирях. Діяльність Києво-Печерської обителі завмерла на довгий час (вона відновилася лише наприкінці 80-х років).
Заповідник не функціонував до 1963 р. Не функціонували і його печери. Лише 1965 року відкрились для відвідувачів лабіринти Ближніх печер. Не обійшлося й без атеїстичних заборон. У печерах познімали всі лампадки та ікони над гробницями. Ікони замінили анотаціями, в яких «розвінчувався міф про святі мощі».
В ті роки увійти до Ближніх печер і вийти з них можна було лише через єдиний вхід — від галереї, що приєднувалася до Хрестовоздвиженської церкви, спорудженої в XVIII ст. У самій церкві, де й понині існує два входи у печерні лабіринти, проводились дослідницькі роботи, і її закрили для відвідувачів.