З появою нового монастиря на Верхній території печери стають місцем пустельництва, або відлюдництва, тобто місцем проживання особливих подвижників благочестя, котрих після смерті ховали в їхніх підземних келіях. Поступово печери перетворились на монастирський цвинтар.

Ховали в печерах за особливим обрядом Студитського статуту. Цей обряд відрізнявся від звичайного християнського обряду поховання.

Померлому обмивали відкриті частини тіла, намагаючись їх не роздивлятись, потім складували руки на грудях і накривали обличчя. Після чого дивитись в обличчя померлого заборонялося. Тому і сьогодні обличчя святих мощей, що спочивають в печерах, не показують.

Потім тіло померлого клали на дошку і встановлювали в келії або засовували в спеціально викопану для захоронения нішу-локулу. Вхід до келії чи устя локули закривали або дерев’яною заслінкою, або іконою, або замуровували.

За Студитським статутом, обряд поховання мав своє продовження через кілька років, коли захоронения розкривалось. Очищені від плоті кості діставали і переносили в спеціальні приміщення — костяниці-кимітирії.

У печерах Києво-Печерського монастиря таких костяниць не виявлено, що дає вченим привід для різноманітних припущень. Однак такі кимітирії знаходяться в Гнилецьких печерах у Києві та в Антонієвих печерах у Чернігові, котрі міцно пов’язані з печерами Київської лаври, позаяк перші було засновано як лаврський скит, а другі — самим прп. Антонієм, коли він перебував у вигнанні.

У "Повісти врем’яних літ" під датою 1091 р. читаємо про перенесення мощей прп. Феодосія Печерського. Це документальна стаття, бо прп. Нестор брав участь у цьому акті. Автор повідомляє, що ігумен із чорноризцями раду радили і сказали: "Недобре лежати отцю нашому Федосієві поза монастирем і церквою своєю, тому що він заснував церкву і чорноризців з’єднав".

Далі прп. Нестор пише, що прийшов до нього ігумен і промовив:

"Підемо в печеру до Федосія", — при цьому попередивши, аби Нестор не розповідав нікому з братії про те, що має відбутися. Потай від усіх вони прийшли в печеру і, відспівавши псалми, почали копати. Коли же ударили в било, вони побачили, як три стовпи, неначе сяючі дуги, пересувалися і стояли над церквою, де покладений був Федосій… Ігумен же прийшов із двома братами, і я розкопав ширше, влізли й побачили, що лежать мощі його, але суглоби не порозпадалися, і волосся на голові злиплося. І, возложивши на варанитю, винесли перед печеру".

Цей літописний уривок говорить нам, передовсім, про те, що наприкінці XI століття печери вважалися територією "поза монастирем" і служили місцем поховання.

Опріч того, в цей період ченців ховали в келіях, у яких вони жили чи правили молитви. Келія прп. Феодосія відома нам і сьогодні в Дальніх печерах. Саме про цей комплекс йдеться в літописному уривку.