Майже півтора століття після нашестя монголо-татарських орд монастир перебував у стані занепаду. Але, незважаючи на це, обитель продовжила своє існування. На жаль, період з XIII до початку XVI століття в історії Печерської лаври сьогодні недосяжний для достеменного вивчення через відсутність історичних джерел.

Уповільнення розвитку культурних і релігійних традицій під час і після монгольського нашестя відбилося й на культі лаврських святих (ченців, похованих у печерах) — про них поступово забувають.

Відвідавши Київ по дорозі до Святої землі у 1419 p., ненець Зосима з Троїцько-Сергіївської лаври занотував свої враження в книзі під назвою "Ксенос, сіреч Прочанин":

"…Досягши благодатією Божию града Києва, був у Лаврі, котра зветься Києвською печерою, поблизу гроба прп. Антонія та ігумена Федосія…"

16 червня 1446 р. князь Андрій Володимирович, онук Одьгерда, склав у Печерському монастирі заповіт, в якому згадав і лаврських святих. Князь писав, що вклонився гробу свого батька, князя Володимира Ольгердовича, гробам своїх дядьків і всіх старців у печерах, а також замислився над тим, скільки в печерах гробів, і над тим, що всі, хто лежав там, жили на цьому світі, а потім пішли до Бога.

Починаючи з XV століття Печерський Патерик переписували і читали повсюдно. Число бажаючих побачити "божественні київські печери" постійно збільшувалося. В цей же період почали правити церковні служби на честь лаврських святих. Десять імен ченців, похованих у печерах, було вписано в місцевий монастирський Синодик. Печери монастиря становляться об’єктом відвідування.