Чин поховання в печерах досить суттєво відрізняється від звичайного християнського обряду і походить зі Студійського статуту. Померлому обмивали відкриті частини тіла і, склавши руки на грудях, накривали обличчя. Тіло померлого клали на дошку і розміщували у спеціально викопаній локулі. З боку печери локула закривалася іконою або замуровувалася. Обряд поховання мав своє продовження через кілька років, коли захоронення розкривалось. Кістки діставали і переносили в спеціальні приміщення — костяниці.

У печерській обителі тіла багатьох подвижників були знайдені нетлінними і пізніше ховали їх у відкритихаркосоліях, а не в локулах, як було раніше. Ще в XI ст. були виявлені нетлінними останки прп. Феодосія.Нетлінність останків ченці вважали належною нагородою печерським подвижникам за їхнє доброчесне життя.

У ХІV-ХVІ ст. поховання провадили у старих локулах, внаслідок чого у більшості цих порожнин зберігаються останки двох-трьох осіб. Деяких померлих у той час ховали також в домовинах.