Боніфратри — італійською мовою означає «добрі брати». Більш поширена назва ордену «Брати милосердя». Засновником ордену братів боиіфратрів був Іоан Цідада (1495-1550 pp.). Брати називали його Іоан Божий. Іоан Цідада народився в маленькому португальському селі Монтеморо. В дитячі роки він покинув родинну оселю і довго блукав по країні поки не потрапив до шпиталю, де його лікували від божевілля. Бідність закладу та методи лікування, що нагадували тортури, навели його на думку присвятити своє життя допомозі таким хворим. На вижебрані ним гроші Іоан купив у місті Гренада будинок, де в 1540 р. заснував шпиталь на 47 пацієнтів. Скоро він знайшов прихильників і помічників у своїй справі. Орден (Ordinis beatijoannis de Deo) отримав у 1572 p. від папи статут Августа па.
Основною метою діяльності боніфратрів є «шпитальництво», що включає також гостинність — надання людям притулку на ніч та моральної підтримки. Лікували вони завжди безкоштовно. Серед них було багато відомих лікарів, зокрема, Людвіг Перина. Резиденція генерала ордену розмістилась у Римі. Найбільшого розквіту в Польщі орден боніфратрів набув у 1630-1660 pp. Тадеуш Стецький назвав цей орден найкориснішим серед усіх інших на Волині.
До Луцька боніфратри були запрошені єпископом Андрієм Гембицьким (1638-1655 pp.) під час його перебування в Римі. Навіть Тадеушу Отецькому не було відомо, в якому році прибули боніфратри. Лише в 1922 р. Олександр Прусєвич з Адамом Войничсм визначили цю дату — 1639 р. Отже, запрошення відбулося в 1638 p., коли Андрія Гембицького затверджували луцьким єпископом.
Кошти на будівництво боніфратрського костьолу Марії Магдалени виділив луцький канонік Балтазар Гишка. Цей фундуш був підтверджений у 1647 р. сеймовою конституцією. Того року, мабуть, і почалося муроване будівництво комплексу.
31864 р. простежуємо в літературі припущення про первісну локалізацію боніфратрів поблизу кляштору кармелітів. Ніби звідси після пожежі їх комплексу в 1793 р. вони перебралися на погост колишньої церкви св. Якова, що вже належав латинському капітулу. Ще в 1929 р. такої думки дотримувався Мечислав Орлович. Проте майже одночасно існувала й інша версія, згідно з якою до 1793 р. кляштор містився при перехресті вулиць Домініканської і Кармелітської. її дотримувались Т. Стецький, О. Левицький, А. Войнич, Л. Маслов. При цьому Л. Маслов розмістив костьол боніфратрів на мурах церкви св. Миколи, яка згоріла 1617 р.
Оригінальну думку про первісне розташування кляштору боніфратрів на ділянці, розташованій за адресою Кафедральна, 4, висловив Борис Сайчук. З «Опису міста Луцька і Волині» відомо, що церква знаходилася «перед аптекою на місці кафедральної кам’яниці, де можна побачити фундаменти». Про яку саме кам’яницю йде мова, поки з’ясувати не вдалося. Проте відомо, що в кінці XVIII — на початку XIX ст. аптека розміщалася в будинку поруч із дзвіницею. Отже, церква св. Миколи і кляштор боніфратрів розміщались напроти будинку; що по вулиці Братковського, 35. Цей церковний плац передав римо-католицькій кафедрі св. Трійці в 1639 р. уніатський єпископ Лосовський.
При кляшторі боніфратри відкрили високого гатунку шпиталь і притулок для божевільних. На утримання хворих щоп’ятниці ченці збирали пожертви в місті і висилали з цією метою своїх братів по усій провінції.
Згідно з конституцією 1676 р. отці боніфратри мали за річкою Стир у селі Красному грунт. Ревізори люстрації волинських староств у 1765 р. відмічали, що він був проданий, а на ньому влаштоване містечко, назване Красне, з дерев’яними і мурованими будинками, заселеними католиками і євреями. Там виробляли вина, мед, горілку, пиво, шинкували і торгували, чим відволікали людей від торгів у Луцьку, завдаючи йому шкоди і руїни. Крім того, щоразу хочуть розширити грунт до села Красне. Люстратори 1789 р. нагадали, що колись село Красне було просторішим, але через надання грунту на цегельню вельми вельможним отцям боНіфратрам згідно з конституцією 1676 р. стало меншим. На тому місці, де визначений плац під цегельню, грунт окопаний ровом. Грунт перепродали Олізарам.
У 1772-1773 pp. при кляшторі було п’ять ченців і від восьми до чотирнадцяти хворих. Прибуток від пожертв з усієї Польщі складав 1364 польських злотих. До скасування в 1842 р. був одним з шести діючих католицьких кляшторів міста Луцька.
Згідно з люстрацією міста 1789 р. кляштор знаходився між вулицею «Поперечною попід кармелітами до Стиру» і «вулицею від Стиру коло костьолу Боніфратсрського до міста йдучого». В цьому проміжку розташовувались вірменська і боНіфратрівська юрисдикції, а також садибна забудова, серед якої шпиталь св. Якова і кляштор отців боніфратрів. У боніфрат-рівській юрисдикції містилося сім садиб. У переліку храмів костьол значиться як «костьол С. Якова від кафедри луцької латинської Боніфратрам відданий». Того ж року боніфратри мали кам’яницю на вулиці Ринковій поруч із кам’яницею домініканців. Ці записи спростовують загальноприйняту; починаючи з Тадеуша Отецького, дату (1793 р.) переселення боніфратрів з попереднього місця до костьолу св. Якова. У1789 р. боніфратри вже були на новому місці і не перший рік. Попередня велика пожежа міста сталася 1781 р. Можливо, з нею і треба пов’язувати переселення.
Описану в 1789 р. містобудівну ситуацію ілюструють плани міста кінця XVIII ст. На плані 1795 р. поблизу вірменської церкви знаходиться двір з костьолом і чотирма будинками, анотованими як «кляштор бонифрацкий с каменными покоями».