Проте збір коштів на спорудження собору не дав змоги одержати такої величезної суми. У вересні 1855 року чекали приїзду до Києва імператора Олександра II. На запит нового генерал-губернатора князя Васильчикова митрополит повідомив, що зібрана сума становить 81 035 крб. 01 коп. У вересні 1859 року вона досягла 99 849 крб. ЗО коп., після чого надходження грошей практично припинилось. Така сума для будівництва собору була в розпорядженні наступника померлого Філарета — митрополита Ісидора. Крім того, для будівництва було пожертвувано 1 мільйон цеглин із заводів Києво-Печерської лаври.
З першого дня планування будівництва стояло питання про місцеположення собору. Його не могли розв’язати більш ніж за десять років. Імператор Микола І спинився на ділянці біля Золотих Воріт. Ллє, враховуючи розташування поблизу Святої Софії і Георгіївської церкви, було вирішено під цього місця відмовитись, оскільки своїми пропонованими гігантськими розмірами новий храм міг «задавити» давні споруди. Митрополит Ісидор спільно з Васильчиковим запропонував побудувати собор па площі перед університетом, де тепер стоїть пам’ятник Т. Г. Шевченкові. Вони вважали, що Володимирський собор може впливати благотворно на учнівську молодь. Може, собор і був би там закладений, та цар під час свого чергового перебування в Києві вибрав для собору велику незабудовану площу між Бульваром (Т. Шевченка) і Кадетською (тепер Б. Хмельницького) вулицею. Природно, проти монаршого повеління ніхто протестувати не зміг. Але закладини собору не раз відстрочувались — почалася Кримська війна (1853-1856 pp.), потім сталася смерть імператора Миколи І (1855 р.) і митрополита Філарета (1857 p.).
Та все-таки наполегливість князя Васильчикова дозволила у травні 1860 року спланувати вибрану для будівництва площу, яку було на цей час за повелінням згори зменшено. Це зовсім не влаштовувало комітет, який цілком резонно планував при соборі дзвіницю і будинок священнослужителів. Комітет займався подібними проектами, сперечався про те, в який бік зорієнтувати головний фасад храму, хоч було очевидно, що зібрані кошти становлять усього лише одну сьому від потрібної за проектом суми. Доводилось або вживати якісь особливі заходи по добуванню грошей, або зменшити грандіозність проекту, перейти на скромнішу споруду.
Київський митрополит Ісидор вибрав останнє і доручив єпархіальному архітектору П. І. Спарро переробити проект.
Павло Іванович Спарро (народився в 1814 р.) закінчив Петербурзьку академію мистецтв, приїхав до Києва на посаду помічника О. В. Беретті по будівництву Київського університету. З 1838 року — київський єпархіальний архітектор, і в цій іпостасі побудував досить багато: 4-й ярус дзвіниці Софійського собору. Братський корпус Видубицького монастиря, приміщення для готелю Києво-Печерської лаври. Казанську церкву Флорівського монастиря… Спарро справився з поставленим завданням елементарно просто: він залишив основний об’єм будови, прибравши бокові частини, які надавали споруді форму хреста, після чого будова в плані набула прямокутної форми. Замість запропонованих 13 бань залишалось тільки 7. І Іовий проект єпархіального архітектора було затверджено Синодом. Спарро склав по ньому кошторис в 175 тис. крб.
Па цей час до Києва прибув новопризначений митрополит Арсеній, який взявся за справу досить енергійно. Митрополит запропонував негайно приступити до будівництва. Нагляд за роботами було доручено архітектору Штрому і члену комітету інженер-полковнику Чесноку, а розпланування на місці -Інженеру Проскурякову. Але комітет відповів митрополиту, що закладини собору мають бути відстрочені з ряду причин, а саме: неможливість виїмки землі, брак каменю для фундаменту, неодержання затвердженого кошторису і т. ін. Резолюція митрополита у відповідь на заяву комітету була така: «З перелічених незручностей і труднощів для негайних закладин храму одне тільки, і то не безумовно. може вважатися поважним -це брак в готовності бутового каменю і неможливість скоро дістати його, чого я й уявити не міг, та й тепер з трудом можу уявити. Щоб Комітет так давно і в цілому своєму складі і встановлений з тією саме метою, щоб зайнятися потрібним заготовленням до передбачуваної побудови храму, досі не потурбувався про задоволення такої найнеобхіднішої потреби для всякого будівництва, як бутовий камінь. Щодо недоліків кошторису, то це не тільки не має служити перешкодою до провадження будування, а навпаки, бути неабияким забезпеченням для можливого ведення підрядів і укладання контрактів… Ще менше було перешкодою до закладки храму нерозуміння в який бік повернути його головним фронтоном, бо це справа одногодинна, і від нас, власне, залежить вибір напряму, згідно з правилами православної церкви, яка допускає побудову храмів на зимовий схід тільки у виняткових випадках в разі потреби і з вказівкою на місцевість. Тому пропоную комітетові серйозно зайнятися всіма потрібними заготівлями до побудови храму. Так, щоб закладини його принаймні на початку весни наступного року могли відбутися».
Розпорядженням митрополита склад комітету було змінено, у нього включили представників різних станів: намісника Лаври архімандрита Іоана, намісника Видубицького монастиря архімандрита Всніаміна, членів консисторії — протоієреїв Григорія Кромарєва і Данила Смолодовича. відставного інженер-полковника Чеснока, повітового суддю Бодилевського. купця Федоровича, єпархіального архітектора Спарро і діловода Яроцького. Крім того, запрошено архімандрита Фсофіла та інженер-полковника Палібіиа. Митрополит Арсеній запрошував у комітет і генерал-губернатора Васильчикова. але той відхилив запрошення і в свою чергу рекомендував у склад комітету інженер-полковника Біркіна як досвідченого будівельника, а керування роботами запропонував доручити архітектору Штрому.
Проте фінансові питання залишались нерозв’язаними, кошторис будівництва не раз змінювався.