Вирішення цієї проблеми ускладнюється двома важливими обставинами. По-перше, монастирський архітектурний ансамбль був зруйнований у повоєнні роки без належної фіксації: майже не збереглося фотографій, обмірних креслень та іншої документації, на підставі якої фахівці могли б науково вірогідно відтворити втрачені архітектурні споруди. По-друге, нині, при відродженні монастиря, дуже важливо по можливості точно відтворити його архітектурний ансамбль та архітектурну пишноту, яка завжди символізувала для православної людини красу Світу Божого, не зіпсувати новими дисгармонійними будівлями.
Для перших руських святих шлях на небо починався, хоч як це парадоксально, з підземель, а саме — з печер Київської Свято-Успенської лаври, які простягалися майже на півкілометра. Тут благочестиві християни — перший руський митрополит Іларіон, зачинателі чернецтва святі Антоній і Феодосії! шукали молитовного зосередження, уникаючи мирських спокус.
Підземні монастир у Києві засігував 1051 року перший святий Київської Русі — преподобний Аптопій. Завжди самозаглиблеіпш-чоловік явно не від свічу цього — скрізь, і в рідному Любечі, і в Чернігові, і в Києві, і на Святій горі Афон він шукав усамітнення і через нього — свого власного шляху до Бога. Чернеча громада жила за суворим счудійським стачугом, принесеним з Афону, проводячи час у молитвах, постах і праці. Найвідцаніші серед монастирської братії замуровувалися назавжди в підземних келіях і навіть закопували себе по пояс у землю. Це була їхня безкровна жертва кусові Христу, що приносилася щоденно і щохвилинно.
Скоро тут зібралося чимало благочестивих людей. Між ними був і майбутній преподобний Феодосії — «аііег ego»Airronifl, котрий був набагато практичнішим за свого вчителя. Саме він, ставши ігуменом, вивів братію з підземель і почав розбудовувати чудовий архітектурний ансамбль, який уже в XII столітті набув статусу лаври — найбільшого і найавторитетнішого монастиря, що мав десятки храмів і зосереджував могутню суспільну силу, здатну спрямувати не лише духовне, а й політичне та економічне життя країни. Києво-Печерський монастир став зразком для всіх монастирів на Русі.
Для розуміння особливостей архітектурного устрою Софроніївського монастиря дуже важливо зрозуміти і врахувати особливості його географічного місця розташування. У цьому сенсі найважливішим є розташування обителі в зоні російсько-українського прикордоння. Протягом багатьох століть взаємні виливи української і російської культур були дуже інтенсивними й плідними, у тому числі й у сфері архітектури й містобудування. Ці взаємозв’язки найбільш яскраво виявилися в архітектурі як столиць України і Росії — Києва і Москви, так і провінції. Зокрема, це засвідчують Військово-Микільський монастир у Києві, побудований на замовлення українського гетьмана Івана Мазепи за сприяння російського царя Петра І видатним московським архітектором Осипом Старцевим; Донськой монастир у Москві з явними ознаками української архітектури. Ці поєднання двох національних архітектурних традицій спостерігаємо і в архітектурі прикордоння — Чернігова, Новгорода-Сіверського, Путивля, Глухова, Сум, Харкова. Рильська, Севська, Стародубова… Особливо яскраво все це виявилося в Путивлі. Тому не дивно, що це ж сполучення російсько-українських архітектурних форм є найхарактернішою рисою Софроніївського монастиря.
Перш ніж перейти до детального розгляду архітектурних особливостей цього монастиря, розповімо коротенько про основні принципи монастирського будівництва на Русі. Тема ця для нашої науки поки ще нова і неосвоєна (хоча монастирям нашим уже понад тисячу років!). Пояснюється це семи десятилітнім пануванням комуністичної ідеології, під час якого не могло бути й мови про об’єктивне вивчення духовних явищ. Багато речей духовного плану не тільки не вивчалися, але й свідомо спотворювалися, фальсифікувалися. Так, наприклад, у численних архітектурних працях 1950-1980-х років можна прочитати про те, що регулярність, тобто прагнення до геометрично правильного плану, в монастирському будівництві — це результат проникнення «прогресивних світських гуманістичних тенденцій» у «зашкарублий (і негуманний) світ православної архітектури». Насправді ж ця регулярність пояснюється зовсім інакше, вона виходить, про що ми докладніше розповімо нижче.
На щастя, у 1990-х роках, після розпаду атеїстичної імперії, з’явилась можливість для об’єктивного наукового вивчення церковної і монастирської архітектури. У працях московської дослідниці І. Бусевої-Давидової досить докладно досліджені та викладені принципи архітектурно-просторової організації монастирів на Русі. Тому ми у своїй розповіді будемо посилатися на її розділ «Монастирські комплекси» у фундаментальній науковій праці «Давньоруське містобудування» (Москва, 1993).
Найважливіший висновок цих досліджень полягає в тому, що всі без винятку монастирі на Русі будувалися за єдиними канонами (правилами) православної церкви. Отже, і початок життя Софроніївського монастиря, про який збереглося мало конкретних свідчень, ми можемо собі уявити відповідно до цих православних канонів.
Монастир починався з однієї-двох келій ченців чи пустельників, розташованих поруч каплиці. Келії ці, у вигляді дерев’яних рублених хат, були настільки малі, що в них ледь могла поміститися людина. В міру розширення монастиря келії ставали більшими й різноманітнішими за архітектурою — подвійними й потрійними, із сіньми. Такими ж, аж до XVIII століття, були й келії Софроніївського монастиря. Ченці жили в них не по одному-, а по двоє-троє. Старший з них спостерігав за молодими ченцями.
Після одержання благословенної грамоти архієрея на заснування монастиря в ньому відразу ж будували храм, що різко змінював вигляд усього комплексу. В соборному храмі кожний монастир знаходив свій центр — ідейний і архітектурний. З появою храму з розкиданої, неупорядкованої забудови формувалася строго ієрархічна композиція. Храм панував над келіями як за розмірами (об’ємом і висотою), так і за розташуванням (у центрі) і за значенням. Собор богословськи витлумачувався як земне небо чи Око Ноже, а іноді — як образ Гроба Господня. Тому споконвічне верховенство соборного храму неухильно зберігалося при всіх наступних перебудовах Софроніївського монастиря. Про це свідчать збережені стародавні фотографії і зображення монастиря.
Ми можемо з повною впевненістю стверджувати, що соборний храм Різдва Пресвятої Богородиці й інші муровані храми монастиря були побудовані точно на тих же місцях, де стояли древні дерев’яні храми тієї ж присвяти — щоб «святе місце не залишилося пустим».
Другою за значенням громадською будівлею спільно жительного монастиря була трапезна — місце для спільних трапез братії. Братерські трапези мали глибокий духовний зміст, тому що, відповідно до послань Св. Иосифа Волоцького, асоціювалися з Тайною вечерею. Тому трапезна ніколи не була й не сприймалася як суто утилітарна споруда. Вона тяжіла до собору, а не до хлібні, кухні й льодовні. Ідейне значення трапезної відбилося в побудові при ній особливої церкви. Так було в більшості монастирів Росії й України, але не в Софроніївському! Тут нам нічого не відомо про церкву при трапезній палаті. Проте розташування цієї трапезної палати (вона чудом збереглася) було цілком традиційним — біля південного фасаду собору Різдва Пресвятої Богородиці. Таке розміщення трапезної визначене особливостями монастирського розпорядку: братія направлялася на трапезу з собору; при цьому з правого боку біля входу в трапезну чернець, котрий очолював процесію, зупинявся і читав молитву. При цьому ченці не повинні були стояти спиною до соборного храму.