1700 року над Ближніми печерами замість старої дерев’яної Хресто-воздвиженської церкви спорудили кам’яну з такою ж назвою. З неї зробили третій вхід до печер. У першій половині XVIII ст. Ближньопечерні церкви зазнали перебудови. їх доповнили мармуровими колонами з олтарної перегороди Успенського собору давньоруського часу, що потерпів під час пожежі 1718 р.

У 1760-х роках підлоги в печерах вистелено чавунними плитами, попід якими в деяких місцях збереглися залишки старої цегляної підлоги.