Тринітари для свого костьолу зайняли цегляну Михайлівську церкву, що належала уніатам, які не спроможні були її утримувати за браком коштів. На це вони одержали дозвіл арце-біскупа Левка Кишки, а 2 травня 1718 р. луцького уніатського єпископа Йосипа Виговського. Останній вимагав зберегти назву церкви, погодився на її перебудову і спорудження кляштору на тому самому грунті. Передача церкви відбулася 15 травня 1718 р. за протоколом змішаної церковно-костьольної комісії.
З протестів православного духівництва 1729 р. відомо, що Михайлівська церква була розібрана на будівництво костьолу і монастиря тринітаріїв, які самоправно зайняли під своє будівництво також цвинтар церкви Різдва і половину чотирьох плаців Братської церкви.
Протягом 1718-1720 pp. при церкві звели частково мурований, частково дерев’яний кляшторний будинок і відкрили чернечий колегіум з філософською і теологічною студіями. ЗО червня 1720 р. заклали наріжний камінь нового костьолу, а 10 листопада 1729 р. освятили нову святиню в ім’я святого Михайла Архангела і повернення св. Павла Апостола. Оздоблення костьолу продовжувалося в наступні роки. В 1732 р. Павло Майковський на фасаді костьолу помістив напис «З твоїх дарів і пожертв даруємо тобі Господе».
В 1746 р. інтер’єр костьолу здобув поліхромічні розписи, які потім доповнювались або переписувались, зокрема братом Юзсфом від св. Терези — Яном Прехтлем. Можливо, така потреба виникала у зв’язку з пожежами. Яких зазнали усі луцькі храми. Наприклад, відомо про чергове освячення костьолу в 1777 р. До такої події мусили проводитись значні роботи по його реконструкції або оздобленню.
Зі смертю Павла Майковського не припинялось спорудження основного корпусу штору, зокрема його дерев’яних стін на муровані, а також господарських будівель. Дерев’яну дзвіницю замінили мурованою вже після 1818 р.
Дальша доля комплексу. Останнє десятиліття свого життя провів у монастирі добре відомий мистецтвознавцям талановитий художник Ян Прехтль (брат Йосип від св. Терези, 1737-1799 pp.). Його пензлю розписи на стінах костьолу, кімнат і коридорів монастиря, присвячені діяльності ордену тринітаріїв у Польщі й інших країнах.
Довгі роки луцьким кляштором керував як міністр відомий теолог і теоретик мистецтва отець Олександр від Зачаття Божої Матері Венславський (народився 1728 p.. помер у Берестечку 8 листопада 1791 р.). В бібліотеці кляштору знаходилось кілька рукописів його трактатів з малюнками.
У липні 1803 р. в кляшторі тимчасово розмістили школу, приміщення якої знаходилось на території Окольного замку і постраждало під час пожежі.
У зв’язку з війною 1812 р. весь кляштор на довгі роки відібрали під шпиталь російських військ. Для потреб полкового лазарету в 1820 р. планувались різноманітні перебудови споруди, але не знайшлося бажаючих виконати ті роботи. В 1824 р. знову повертались до цієї ідеї.
За даними 1823 р. тринітарії мали в Луцьку і Берестечку будинки.
Коли після польського листопадового повстання (1830-1831 pp.) з’явився реальний привід для закриття католицьких кляшторів. Найбільшим із залишених був луцький і до нього перебралися зі своїм майном усі ченці з закритих осель". Проте ця обитель вже була приречена. При обговоренні питання її закриття п Міністерстві внутрішніх справ посилались на певні труднощі з виконанням цього завдання.
У грудні 1843 р. до Петербургу на затвердження і оправляється проекта кошторисом на «исправление в 1844г. здания Іриніітарского монастыря в Волынской губернии, предназначенного дія помещения Арестантской роты». Передбачалось пробити двері в кам’яній огорожі, а в коридорі замурувати зайві, влаштувати пари, перекрити ветхий дах. У листопаді ці роботи ще не були викопані через відсутність бажаючих взятись за них.
У відповідь на наполягання православного духівництва передати йому Тринітарський костьол від Департаменту духовних справ іноземного сповідання поступило роз’яснення, що «тамошний Тринитарский монастырь мог быть с высочайшего соизволения закрыт … так как оный находится на видном месте, на торговой площади и по малому числу монашествующих в оном» і що «после бывшего в сем городе пожара местные обстоятельства во многом должны были измениться», однак дозволу ще не отримано. Чому пожежа мала сприяти справі, як мазано в документі. важко сказати, якщо не підозрювати, що вона була цілеспрямованою.
Наступна пожежа сталася 24 червня 1846 р. Цього разу вона почалася на даху Тринітарського костьолу і зібрала багато зівак. В них на очах канцелярист земського суду Валеріан Мазуркевич через коридор монастиря перебіг на верхній поверх і вибрався «на хребтовий вал» даху з віником на довгій жердині в руках. Ним він збив ґонт і цим врятував не лише крам Божий, але й сусідні будинки.
У лютому 1847 р. київський, подільський і волинський генерал-губернатор Д. Г. Бібікон заявив, що з висловлених у листі №4991 міркувань «в настоящее время не представляется удобным обращать в православную церковь … тринитарский монастырь». Все ж цей монастир «по Высочайшему повелению» був ліквідований «як непотрібний для Римо-католицького відомства», а в 1850 р. переданий «з усіма монастирськими і церковними будинками у відання Цивільного начальства». Воно розмістило в 1851-1852 pp. на нижньому поверсі дворянське училище, на верхньому мали намір розмістити «присутственные места» і планувало використовувати костьол. Але. коли другий поверх кляштору перейшов до військового шпиталю, то в 1853 р. військовим вдалося домогтися передачі їм усього монастиря.
Про костьол же продовжували в листах писати, що «по архитектуре своей имеет лучший вид, чем противопоставляемое ему церковное здание Доминиканского монастыря; но при том прочно в целом составе своем и расположено среди города, на главной улице, в видном и открытом месте». Духівництво вимагало передачі їм усіх приміщень Тринітарського кляштору і виселення з нього училища в Домініканський кляштор.