Події, пов’язані із заснуванням Олександрівського костьолу на початку XIX ст., повторились в роки століття при клопотанні про заснування нового київського костьолу св. Миколая. Правління Миколи II було сприятливе для католицького руху, як і колись правління Олександра І. В Києві католицька громада була численною (у кінці століття понад 35 тис. городян сповідували католицтво). На честь відвідин Києва Миколою II у квітні 1896 р. католицька громада склала прохання про дозвіл на відкриття у Києві ще одного іменного костьолу. У тому ж році виділили ділянку для новобудови, — як і в випадку костьолу св. Олександра, для будівництва обрали повнії міський район, що активно забудовувався. Ділянка була віднайдена біля другої гряди київських гір (Батиєвої. Байкової), на новій Великій Васильківській вулиці, 75.
Після одержання у 1897 р. царського дозволу почалося проектування нового храму. Київський міський католицький комітет звернувся до Імператорського Петербурзького товариства архітекторів з проханням взяти на себе організацію конкурсу проектів. За виробленою програмою їх було подано досить багато. І як зазначала тогочасна преса, — «по більшості дуже хороших», але «не дивлячись на результати конкурсу міська комісія з відомих лише їй причин не змогла зупинити свій вибір на жодному з премійованих проектів і доручила київському архітектору В. Городецькому створення нового проекту на основі матеріалів конкурсу». Думаємо, певні приховані причини таких результатів конкурсу все ж осягнути неважко.
В усіх проектах костьол розроблявся в неостилі: поєднанні готичного і романського. І це відповідало романтичним настроям національного піднесення польської громади якнайбільше, оскільки готика в контексті міста, виповненого православно-бароковими й інтернаціонально-класицистичними формами, ставала геральдичною ознакою польської ментальності. Імпонуюча київським польським колам неоготика з’являлась на власних і прибуткових будинках представників польської міської громади. Слід зазначити, що ця громада трималась не лише єдиних релігійних та культурних інтересів, але і була достатньо згуртована в їх лобіювапні і, головне, у взаємопідтримці. Один з найталановитіших і найвідоміших тогочасних архітекторів польського походження і католицького віросповідання Владислав Городецький не міг залишитись осторонь робіт по спорудженню костьолу, хоча участі в конкурсі проектів він і не брав.
Серед премійованих проектів проект петербурзького цивільного інженера С. Шпаковського визнали кращим, але через помилку у вирішенні генплану робота не дістала премії. С. Шпаковським проектувалась хрещата трииавова триапсидна базиліка з розвиненими, виступаючими трансептом і нартексом; над останнім на фасаді здіймалась досить висока і тонка вежа з шпилеподібним шатровим завершенням. Стрілчасті готичні портали, прорізи підкреслювались цегляною кладкою. Контрфорси, фіали, рози, нервюри і склепіння та вітражі чітко засвідчували неоготичну стилістику будови.
Були відзначені проекти: архітектора II. Гіппіуса 1-ю премією; цивільних інженерів С. Воловського та А. Венсана відповіді ю 2-ю та 3-ю; архітектора В. Покровського — 4-ю премією.
Проектована II. Гпіпіусом тринавова базиліка мала певні особливості: пави були розділені лише чотирма парами підпор, що створювало більшу просторову єдність бічних і головної нави ніж це традиційно влаштовувалось у католицькій базиліці. Розвинене середохрестя підкреслювалось не лише виступами трансепта, але й укрупненням підпор та збільшенням прогону. Вівтарна частина імітувала романсько-готичні дсамбулаторій та апсидіоли — втім реально ні кругового обходу навколо вівтаря, ні вінця капел не передбачалось.
Натомість капела асиметрично розміщувалась при бічній стіні в західній частині храму — асиметрія додавала стильової чистоти неосередньовічному проекту. Цікаво й оригінально вирішувався і нартскс — прифасадні вежі (їх проектувалось дві) влаштовувались над шестигранними ризалітами. Вирішення фасадів у цьому проекті здасться значно багатшим і вптонченішим. ніж у проекті Шпаковського.
Пропозиція Л. Венсана — тринавова шестистовпна базиліка з реальним деамбулаторісм і апсидіоламн (що не може не викликати здивування — на відміну від романсько-готичного середньовіччя, де ці елементи були функціонально потрібні для облаштування руху прочан, традиція завівтарного обходу в кінці XIX ст. була вже не актуальною для католицької відправи) здавалася б «списаною» з підручників історії. Фасади стилістично досить чисті, неоготнчні, але з певною економією засобів — декоративні фризи створюються просто за допомогою цегляної кладки.
Костьол, запроектований В. І Іокровським, — хрещата тринавова однобаштова базиліка, де рамена трансепта стають власне самостійними зальними молитовними приміщеннями. Проект об’еднус нсороманську стилістику з окремими елементами готики. Передбачалось значне скульптурне оздоблення фасадів, вигадливий малюнок замощення підлоги. Романські перспективні портали, аркатурні пояси, тридільні вікна та вікна-рози приховували дивність пропорцій фасаду з надзвичайно тонкою і високою вертикаллю вежі.
Другу премію конкурсу здобув знову ж петербуржець (католик польського походження), ще власне студент Імператорського інституту цивільних інженерів 24-річний С. Воловський. Його проект і був ніби прийнятий до здійснення, але. як зазначає Д. Малаков. «беручи до уваги відсутність практичного досвіду у молодого інженера, було вирішено доручити робоче проектування, керівництво і нагляд за будівництвом вже добре відомому архітекторові В. Городецькому». Проект С. Воловського дійсно доопрацювання, хоча певні базові риси архітектури київського костьолу заклав саме він стилістичний характер, набір елементів (зокрема дві вежі на фасаді), абрис і пропорції. Натомість В. Городецький запропонував іншу планувальну систему, докорінно змінив деталі, віднайшовши свою витончену «полуменіючу» неоготичну стилістику.
При розплат ванні В. Городецький певним чином синтезував пропозиції С. Шпаковського (апсидне завершення бічних нав), П. Гіппіуса (асиметрична бічна капела). С. Воловського (вирішення трансепта і хору при деякій зміні їх пропорцій), витворивши композицію тринавової триапсид-ної шестистовпноі хрещатої базиліки з розвиненим середохрестям. Відносно неглибокий, гранчастого завершення хор став приводом для нарікань архітектору в не традиційності такого вирішення". Нартекс фланкують дві вежі-дзвіниці заввишки до 60 м, над середохрестям — невелика сигнатурка. На головному фасаді — тридільна п’ятиярусна композиція: три перспективні готичні портали першого ярусу (головний і середній мають більші розміри і вишуканіше оздоблення), вітражна роза, що займає весь простінок середньої частини другого ярусу, високі вузькі стрілчасті вікна і декоративні арки на баштах та трикутний типець по центру в третьому ярусі, четвертий та п’ятий яруси — арочне завершення башт та високе шатрове їх покриття. Контрфорси, фіали, скульптурні та орнаментальні рельєфи (традиційна для В. Городецького співдружність з майстернею К. Саля), колористичне двоколірне вирішення — фонова червона цегла (хоча храм будували з жовтої київської цегли, личкувальний ряд викладався з червоної) та сірий колір деталей із штучного каменю (пропагований В. Городецький бетон), плавні, явно відлиті у монолітному бетоні пластичні абриси арок та склепінь створюють неповторне враження від цієї видатної пам’ятки неостильової архітектури кінця XIX — початку XX ст.
У розробці остаточного проекту брав активну участь цивільний інженер І. Падлевський: існують навіть публікації, де автором реалізованого проекту вказувався саме він.
Отже, після отримання)’ 1898 р. царського дозволу на будівництво, перший камінь врочисто заклали 8 серпня 1899 р. Храм будувався 10 років на пожертви приватних осіб. Як і в історії попереднього костьолу, коштів не вистачало’: зрештою нижній костьол, передбачений проектом, так і не збудували, мармуровий вівтар з багатим орнаментом і мозаїчними образами в готичному стилі, що мав виконуватись у Флоренції, замінили простим дерев’яним. Взагалі введення костьолу в експлуатацію відбулось в незавершеному вигляді — без внутрішнього оздоблення храму.
Ці каво зупинитись і на конструктивних новаціях, запроваджених у храмі: складні піщані зволожені фунти обумовили застосування набивних бетонних паль фундаментів за методом київського інженера А. Страуса. Широко використовувався новацій-ний для того часу бетон і залкюбетон — не лише в оздобленні, але і в конструкціях перекриття: склепіння центральної нави перекриває 17 м, при товщині конструкції всього 8 см! У тогочасній пресі можемо віднайти дані про прийняті для розрахунку опору матеріалів навантаження. В підвалі застосовувалось традиційне цегляне склепінчасте перекриття, конструкція даху проектувалась металевою, а крокви каркаса башт — дерев’яними.
Оздоблення виконувались з литого бетону та, частково, з цинку: цоколь покривався шаром бетону, утворюючи «штучний камінь». Теракотова підлога була вимощена в шаховому порядку. Вітражі темних тонів «у німецькому дусі виготовлені в Ризі. Головний вівтар присвячувався св. .Мнколаю Мирликійському, бічні настінні — Пресвятій Діві Марії і св. Иосифу. Костьол мав габарити 55×24 м (нави завширшки 10 та 5,5 м) і вміщував 1800 віруючих.
Храм освятили 1906 p., хоча будівельні роботи продовжувались до Першої світової війни. Близько 1937 р. як Олександрівський так і Миколаївський костьоли втрачають офіційний статус храму до початку 90-х pp. У Миколаївському костьолі влаштовують господарські складські приміщення, від 1945 р. — архів. На високих, домінуючих над околицями, вежах були облаштовані «глушники» радіоантен.
У 1970-х pp. костьол реставрували (керівник — архітектор О. Граужіс) з пристосуванням споруди до потреб Республіканського будинку органної та камерної МУЗИКИ. Годі було встановлено чеський орган, облаштовано гардероби у нижньому костьолі. Концерти в костьолі відбуваються від 1981 р. донині, поряд відновлених у добу незалежної України католицьких богослужінь.
Маємо зазначити, що сьогодні будова переживає досить важкі часи — ситуація з проблемними фунтами ускладнена з прокладкою близько костьолу лінії міського метро (рух його безпосередньо відчувається всередині храму. і, на жаль, не лише як звук, але і як певні розхитуючі споруду коливання), яка перерізала підземні річки, і отже, створює небезпечне накопичення вологи в фунтах. Ситуацію ускладнило і будівництво багатоповерхового бізнесового центру (що не узгоджується з архітектурою храму) з розвиненим підземним простором, що збільшує небезпеку-того, що під костьолом попливуть фунти.
Костьол св. Миколая є видатною пам’яткою неоготичної архітектури, унікальним твором у зодчестві Києва і католицьким костьолом, останнім спорудженим у місті до революції.