З доповіді губернатора Іларіона Васильчикова до царя дізнаємося, що «Здания Луцкого Бсрнардинского монастыря в 1848 году" сгорели и в одной только части оставшиеся монахи устроили себе помещение», а «В 1850 году латинские заштатные монастыри, в коих было на лицо менее 8 монашествующих лиц, по Высочайшему повелению упразднены, а монахи переведены в друтие монастыри». На той час у кляшторі знаходилось якраз вісім ченців, тому довелось чекати ще три роки. «Монастырь сей был упразднен в 1853 году и в следствии сего князь Васильчиков сообщил Министру Внутренних Дел в Феврале текущего года, ходатайство Варшавского Архиепископа о помещении в костеле онаго православной церкви». «Исправляющий должность Генерал-губернатора» в 1854 р. «предложил начальнику губернии принять означепиыя здания Бсрнардинского монастыря впредь до особого распоряжения в ведение местной Градской Полиции».

У лютому 1854 р. князь Іларіон Васильчиков продовжує просити дозволу на розміщення в костьолі православної церкви, в унісон йому пропонує перетворити Бернардинський монастир у соборну церкву Варшавський архієпископ, а в червні протоієрей Ісидор Метельський доносив вищому начальству, «Луцкий Бернардинский монастырь уже упразднен, и что за-сим нет препятствий к обращению его в Православную церковь». Наступного року був запропонований розподіл кляштору, «чтобы часть нижнего этажа монастырского здания отведена была для помещения причта, а остальная часть и верхний этаж обратить под помещение присутственных мест и других городских учреждений». Благочинний не погоджувався з таким розподілом і разом з причтом запропонував свій проект, «в котором для удобного помещения всех членов причта, признают необходимым занять, кроме предложенной части в нижнем этаже и всю часть верхнего этажа помянутого здания, соответствующую нижней части». На свої права щодо частини кляштору вказала і міська тюрма.

Деяким планам суджено було збутися. Архітектор Павло (Пантелеймон) Іодко (1824-1891 pp.) склав комплект креслеників під загальною назвою «План По Берпардинского Монастыря Волынской Губернии в Городе Луцке». На них бачимо «Нижний этаж. Верхний этаж, Фасад между лит. АВ, Генеральный план-. Разрез по линии N° 1». В «Изъяснении» читаємо: «Часть здания, покрытая бледною тушью, занята Луцким Земским Судом. Часть здания, покрытая желтою краскою, занята помещением Луцкой городской тюрьмы». За листуванням ці кресленики датуються 14травпем 1855 р. На них не знайшлося місця для приміщень духовенства. Мабуть, потім на окремому аркуші було виконано генеральний план комплекс)’ під назвою «План упраздненного по Бернардинского монастыря в г. Луцке», де показані «а. Костелъ, б. Монастырь, в. Погребъ, г. Сараи и прочие помещенія, д. Колокольня, ж. Конюшня, з. Садъ». Під креслеником є підпис: «Безинструменталыго снималъ съ натуры Архитекторскій помощник Іодко». Генплан входить до комплекту документів під загальною назвою: «О закрытии Луцкого [Бернардинского] монастыря Волынской губернии и о передаче зданий этого монастиря в православное ведомство. Планы зданий Луцкого монастыря и проекты его перестройки для размещения в нем войск».

Проте на генеральному плані комплексу від 1 лютого 1860 р. приміщення кляштору і двір діляться між Військовим відомством і Духовним. При цьому Військовому відомству пропонувалась південна частина підкови кляштору і невелика частина двору вздовж південного фасаду костьолу.

Поступово, у міру закриття монастирів і костьолів, вони перейшли до казни, а на місцях ними стало відати місцеве губернське начальство. Час від часу канцелярія Київського, Подільського і Волинського генерал-губернатора з допомогою поліції і залученням фахівців організовувала збір відомостей про значні споруди Волині з метою їх використання для репресивних структур і численного війська, що охороняло західні рубежі імперії, а також для продажу в тому числі, як будівельні матеріали в разі відсутності коштів на ремонт. Один з таких звітів про виконану роботу був оформлений як розгорнута таблиця на багатьох сторінках і має назву: «Ведомость зданий древних замков, монастырей и церквей Волынской губернии». Про Бернардинський комплекс там є такий запис: «Каменное с гонтовою крышею. В первом этаже 27 комнат; во втором этаже 27 комнат, в третьем верхнем этаже 7 комнат; сии последние без сводов и дверей; украшений никаких пет; при нем деревянная пристройка о двух комнатах, с двумя сараями, в коих помещается часть провианта и мешков Провиантского ведомства, при нем небольшой фруктовый сад; с трех сторон окружено все здание каменного оградою.

Сам костел со всем внутренним устройством состоит в ведении Римско-католического духовенства; в самом же монастырском здании в одном крыле помещается: городская тюрьма и смотрительская; начальник 2 для 2 отделения Путей Сообщения с канцелярией) его; склад провианта и провиантского магазина; архив Луцкого Уездного Суда.

Предполагается поместить Присутственные места и тюрьму; для чего составлены были проекты и сметы; но после того здание от времени пришло почти еще в большее расстройство и ныне требуются большие суммы на исправление.

Если здание это направить, оно может служить помещением как для присутственных мест, так и для квартирующихся войск; самый же костел обратить в православный собор, о чем представлено было г. генерал-губернатору 2.08.1857 № 172».