Судячи з опису підземних лабіринтів XVI — XVII ст., в основному відвідувалися Ближні печери. На той час вони являли собою складну систему коридорів, що утворювалась з трьох головних вулиць.

Та, що розташовувалась праворуч від входу, — дістала свою назву "печерна" від житлових келій, розташованих на ній, котрі в давнину називалися печерами. Вулиця має північно-східний напрям. Ліворуч, по вісі північ — південь, зорієнтовано вулицю з похованнями, власне цвинтарем. Прийнято вважати, що її було викопано в давнину прп. Марком Печерником. І, нарешті, третя вулиця, де розміщено трапезну, відхиляється на захід.

До кінця XVII ст. в Ближніх печерах знаходилося дві церкви — Введення Богородиці у храм, котра вважається найдавнійшою, і прп. Антонія Печерського.

В 1691 р. зусиллями митрополита Варлаама Ясин-ського було споруджено третю церкву — прп. Варлаама Печерського.

Ремонтні роботи, або, скоріше, роботи по укріпленню печер, проводилися, ймовірно, з найдавніших часів, хоча в літописних джерелах відомостей про це не виявлено. До наших днів дійшли повідомлення про київські печери, котрі І. Гізель надсилав пастору Гербінію, де згадувалося про те, що 1620 року під час землетрусу частина печерних лабіринтів обвалилася, тому довжина їх невідома. Після цього в печерах зробили ремонт, а печерну вулицю зміцнили цеглою.

В XVII ст. частину обвалених дільниць розчистили. Уздовж печерних ходів спорудили аркасолії, прокопали інший вхід. При порівнянні відомих планів XVII — XVIII ст., вияснюється, що конфігурація печерних лабіринтів змінювалась і ускладнювалась: збільшувалась* кількість приміщень, коридорів і сполучних ходів. Печери пристосовували для прочан.