У ті роки Київ переживав тяжкі часи, переважно через постійні міжусобиці князів. Політичні події не могли не позначатися на житті Печерського монастиря.

В грудні 1240 р. монголо-татарські орди захопили столицю Русі. Почалися масові вбиства, руйнування, пожежі, грабунки.

В літопису говориться, що завойовники підпалювали монастирі, пришіаснювали їх цінності, вбивали або полонили людей. Багато киян переховувалось у печерах, розбігалось по горах та лісах. Найімовірніше, саме цим часом датується в Ближніх печерах приміщення з масовими похованнями. На планах XVII століття вказано, що там поховано киян, убитих Батиєм.

Печери продовжують функціонувати як цвинтар, де ховають не лише ченців. Копати нові погребальні ніші було тоді просто неможливим. Тому вже існуючі в печерах приміщення використовувались для повторних поховань.

Темне підземелля, що занурювалось у глиб пагорба, нагоняло жах на язичників. Цим мали скористатися вцілілі ченці й кияни, які чудом порятувалися, перетворюючи печери на свою схованку.