У XIII ст. храм неодноразово зазнавав руйнувань. Щоб помститися захисникам Овруча за їх упертий опір литовському війську під час облоги, литовський князь Гедимін остаточно зруйнував його в 1321 р.
У XVI ст. серед руїн Василівської церкви зведено дерев’яну церкву, яка невдовзі згоріла. На її місці збудували другу церкву, також дерев’яну, яка була розібрана "за ветхостью" в 1734 р. У 1848 р. впали склепіння храму, що стояв у руїнах, і до середини XIX ст. від давньоруської святині залишилися лише три апсиди та частина північної стіни. У 1876 р. біля неї збудували невелику каплицю св. Василя, розібрану на початку 1900-х років.
Про катастрофічний стан руїн Василівської церкви свідчать фотографії початку XX ст. Щоб запобігти падінню, яке загрожувало решткам храму XII ст., фрагменти давніх стін (апсиди, частини муру) з усіх боків були підперті дерев’яними колодами.
Сучасний вигляд церкви св. Василя — результат реставраційних робіт 1908-1912 pp., які провадилися за проектом видатного російського архітектора О. В. Щусєва на основі досліджень академіка архітектури П. П. Покришкіна, здійсненних у 1907-1908 pp.. Під час відновлення Василівської церкви О. Щусєв працював не лише як архітектор-реставратор, але й як історик архітектури. Його творчість, що грунтувалася на глибокому вивченні давньоруської архітектури, зокрема Новгорода та Пскова, суттєво відрізнялася від штучно запроваджуваного еклектичного "російського стилю", який дістав назву ропетівського за ім’ям одного з його зачинателів — архітектора І. Ропста (І. П. Петрова). Натомість Щусєв намагався дбайливо відтворити первісні архітектурні форми давньоруського храму, який майже сім сторіч простояв у руїнах.
Про характер реставраційних робіт, що провадилися в храмі св. Василя. О. Щусєв в "Автобіографії" писав: "Как хирурги, мы подняли по кирпичикам стену, замерили ее и поставили на свое место. Таким образом, удалось северную стену и значительную часть южной стены реставрировать точным методом".
Виконавцями реставраційних робіт у натурі були архітектори О. О. Веснін та учень О. Щусєва В. М. Максимов.
За об’ємно-просторовою та плановою структурою церква св. Василя — чотиристовпна триапсидна хрестово-купольна одноверха споруда. На рогах західного фасаду влаштовано дві круглі в плані башти — явище, унікальне для кінця XII ст.
Башти та апсиди розчленовані профільованими вертикальними тягами, а фасади — пучками пілястр, які підкреслюють стрункі пропорції споруди. В оздобленні фасадів застосовано інкрустацію природним камінням різних кольорів, відшліфованим з лицьового боку. Цей прийом, характерний для гродненської архітектурної школи, свідчить про творчі зв’язки зодчих різних давньоруських князівств. Декоративне оздоблення фасадів доповнюють керамічні прикраси — ряди поребрика, аркатурні фризи.
Баня, обидві башти та апсиди вкриті свинцевими листами; крім того, баня позолочена. В інтер’єрі храму на фрагментах давніх стін збереглися рештки фрескового живопису У процесі реставраційних робіт художник О. П. Блазнов розмалював храм фресками на зразок Спасо-Нередицької церкви в Новгороді. Одна з композицій виконана художником Д. С. Стеллецьким.
У 1908-1912 pp. біля реставрованої Василівської церкви за проектом архітектора В. М. Максимова у співавторстві з В. Г. Лсонтовичем збудовано ансамбль будівель жіночого монастиря-двоповерховий корпус келій, трапезну та дзвіницю в стилізованих формах псковської архітектури XIV-XV ст.
Складною виявилась історична доля Пречистенського (Успенського) монастиря, збудованого в одному з найдавніших міст Волині, а зараз — звичайному селі на Рівненщині — Дорогобужі. Це місто в ХІ-ХІІ ст. було столицею удільного Дорогобузького князівства. Князював у ньому онук Ярослава Мудрого — Давид Ігорович, про що свідчить літопис під 1084 p.: "…B се же лето … Всеволод же посла по Давида и приведе его к себе и вдасть ему Дорогобуж".
Від давньоруської доби в Дорогобужі збереглося городище, розташоване на краю берегової тераси, яка підноситься над заплавою р. Горинь на 20 м. План городища — складної неправильної форми. Його східна частина — давньоруський дитинець розмірами приблизно 70×100 м, захищений валом. З півночі городище впритул підходить до крутого схилу берегової тераси. Зі сходу до дитинця прилягає другий майданчик — напевне, окольне місто, розташоване дещо нижче за рельєфом, розмірами приблизно 100×100 м.
Неподалік від городища, в роздоллі хвилястих луків долини р. Горинь, на невисокому пагорбі здалеку видно темну гущавину старих дерев, серед яких підноситься верх мурованої Успенської церкви та де-не-де проглядає цегляний мур. який оточує прямокутне в плані церковне подвір’я.
Цей храм — єдина споруда, що збереглася від стародавнього Пречистенського монастиря, заснування якого наприкінці XVI — на початку XVII ст. пов’язують з іменем князя К.-В. К. Острозького (помер у 1608 p.). Проте цілком можливо, що Успенська церква існувала задовго до цього часу і спорудження її належить до давньоруської доби. Відомо, що в 1577, 1582 pp., у XVII ст. та в 1786 р. споруда зазнала перебудов, які значно змінили її первісний вигляд. Через будівельні нашарування кількох століть важко класифікувати Успенську церкву за приналежністю до певного типу храмів.