Свідченням надійності укріплень Мовчанського монастиря є те, що Лжедмитрій І у 1605 році саме тут мав свою резиденцію і почувався цілком безпечно. З цим історичним персонажем пов’язана найбурхливіша сторінка історії монастиря.

Так званий Лжедмитрій І за версією царя Бориса Годунова був ченцем-розстригою Гришкою Отреп’євим, а за дослідженнями серйозних істориків — не виключено, що й справжнім сином царя Іоана Васильовича IV, прозваного Грозним, царевичем Дмитрієм, котрий, проте, не мав юридичних прав на московський престол (царевич був, по-перше, сином невінчаної дружини Івана Грозного, а по-друге, він і справді був чернець-розстрига). Здобувши добру освіту десь в Україні й зібравши тут у 1604 році невелику армію, переважно з козаків, він рушив на Москву. У відомій битві під Добриничами армія Бориса Годунова вщент розгромила царевича і він зібрався тікати до Польщі. Аж раптом на бойовище прискакав один московитянин з повідомленням, що головне місто Сіверської землі Путивль перейшло на бік царевича і готове виставити на його підтримку 40-тисячне військо.

Розташувавшись у Мовчанському монастирі під захистом путивльського воєводи Рубця-Мосальського, царевич почав збирати військо для нового походу. У трагедії Олександра Пушкіна «Борис Годунов» цар Борис дає історично точну оцінку результатам битви під Добриничами.

Он побежден, какая польза в том? Мы тщетною победой увенчались. Он вновь собрал рассеянное войско нам со стен Путивля угрожает.

У стінах монастиря Лжедмитрій І провів чотири місяці. За переказами, він жив у бойовій камері над вівтарем монастирського собору. За свідченням історика М. Карамзіна, у Мовчанському монастирі відбулася досить дивна зустріч Лжедмитрія зі шпигунами царя Бориса Годунова. Той послав до Путивля ченців Чудового монастиря, котрі, нібито, особисто добре знали Гришку Отреп’єва, аби викритії його. Побачивши через вікно своїх колишніх «сотрапезників», царевич перевдягнув у своє вбрання шляхтича Іваницького й посадив того в своє «тронне крісло». Коли Іваницькші допитав ченців, ті зізналися, що мають завдання отруїти царевича. За іншою версією, про підступи цих агентів Лжедмитрій довідався завдяки «слухам» — пустотам у стінах, які сполучали бойову камеру, де сидів царевич, з підвалом собору, де тримали московських ченців, і той міг чути їхні розмови.

Після Лжедмитрія І в Мовчанському монастирі збереглося кілька реліквій: так зване «тронне крісло Самозванця» (нині зберігається в Путивльському краєзнавчому музеї), образ Жировицької Божої Матері, явно католицького письма, проте дуже шанований у Путивлі, та дерев’яна скульптура «Христос у темниці» — шедевр станкової пластики кінця XVI — початку XVII століть. Нині ця скульптура також зберігається в Путивльському краєзнавчому музеї. У XIX столітті ця монастирська реліквія демонструвалася прочанам так: у «келії Самозванця» над соборним вівтарем у тронному кріслі сидів дерев’яний Христос у чернечому вбранні. Слід відзначити, що скульптура первісно не була розрахована на драпірування, оскільки в пій однаково ретельно модельовані обличчя, руки і вся постать. За характером пластики цей твір дуже подібний до народної скульптури Західної України. Мабуть, звідти він і походить. Напрочуд одухотворене обличчя стражденного Христа, що підніс праву руку, ніби захищаючись від удару, -образ всіх принижених і скривджених.

Після перенесення бойових дій доби Самозванщини у глиб Московії Путивльський Мовчанський монастир знову став центром нового етапу громадянської війни. За свідченням історика К. Валішевського, тут утворилося справжнє «революційне вогнище» всіх українських земель, головний осередок боротьби проти московських порядків під гаслами «землі і волі». У Путивлі цей опозиційний рух знайшов уже готові організаційні форми. Бунтівників підтримали новопризначений путивльський воєвода князь Григорій Шаховськой та чернігівський воєвода князь Телятевський. Останній висунув на головнокомандувача повстанської армії свого колишнього холопа Івана Болотникова, котрий з підставної фігури скоро зробився справді видатним полководцем. Центром повстання Болотникова 1606-1607 років лишався Путивль. Звідси повстанська армія вирушала на Москву, сюди на початку 1607 року привів кілька тисяч чоловік Лжепетро — донський козак Ілля Іорчаков.

Після цих бурхливих подій 24 квітня 1612 року в соборі Мовчанського монастиря сталася пожежа, після якої храмову чудотворну ікону Мовчанської Богородиці перенесли до собору Святодухівського монастиря. Ця пожежа дуже поруйнувала собор. Відбудова затягувалася, оскільки 1613 року Путивль взяла штурмом і розгромила польська армія, а 1618 року-сплюндрували козаки, які під проводом гетьмана Петра Конашевича-Сагайдачиого йшли до Москви на допомогу польському королевичу Володиславу. 27 серпня 1621 року Путивльському Мовчанському монастиреві була надана жалувана грамота царя Михайла Федоровича, в якій згадані монастирські «круглая башня» і «тайник», тобто класичні елементи тогочасної фортифікації.