Впорядкування печерних лабіринтів тривало в XIX і в XX ст. Здійснювався інженерний захист підземних комплексів. У печерах встанавлювались нові іконостаси й гробниці, в яких вміщувались святі мощі, вдягнені в дорогі парчеві й шовкові вбрання. Одяг розшивався золотими й срібними нитками, а також річковими перлами й бісером. Тоді ж писалися ікони з ликами святих і таблички з їхніми іменами, які прикріплювались над гробницями. Стіни печерних лабіринтів фарбували под колір грунту. Протяжність печер та їх інтер’єри змінювалися впродовж усієї історії існування лабіринтів Києво-Печерського монастиря.

Опріч того, в Дальніх печерах за останні роки було встановлено ще три гробниці зі знайденими мощами: в 1992 р. — митрополита Київського і Галицького (1915 -1918) Володимира (Богоявленського); в 1994 р. — митрополита Київського і Галицького (1837 — 1857) Філарета (Амфітеатрова); в 1999 р. — митрополита Тобольського і Сибірського (1758 — 1768) Павла (Конюшкевича).