Професор Ф. Ернст активно допомагав зберегти ще одну путивльську пам’ятку — Спасо-Преображенський собор. Собор у ті роки перебував у користуванні релігійної громади, проте потребував коштів на проведення ремонтно-реставраційних робіт. Ф. Ернст підтримав клопотання громади про падання державної дотації на ремонт. Все це не минулося йому безкарно. Восени 1930 року його звинуватили у «викривленні загальної політичної лінії, а саме — в шкідницькому з політичної точки зору ставленні до пам’яток колишнього культового призначення» і вигнали з роботи. А після арешту в 1933 році всі ці факти йому поставили у вину під час слідства.

Після арешту Ф. Ернста церковні пам’ятки Путивля вже не було кому захищати. Відтак у 1930-х роках знесено муровані Микільську горню (1863 року), Покровську двохрамську (1865 року), Благовіщенську (1865 року) та Вознесенську (XIX століття) церкви.

Руйнування давніх путивльських храмів тривали і в повоєнну добу, незважаючи на те, що у 1954 році центральні органи республіки направили на місця директиву про заборону розбирання пам’яток архітектури та тих старовинних споруд, які мають історико-архітектурну цінність, але не включені до списку пам’яток архітектури. Це рішення було підтверджене у 1959 році, зокрема вказувалося на неприпустимість руйнування Софроніївського монастиря під Путивлем й вимагалося встановити охоронні зони навколо пам’яток архітектури.

Проте в Путивлі місцеве начальство думало інакше. 13 серпня 1962 року голова Путивльського райвиконкому К. Міщенко звертається до Сумського облвиконкому (цитуємо мовою оригіналу): «Исполком Путивльского райсовета депутатов трудящихся при этом направляет акт технического состояния, генеральный план и фотографии здания бывшего Молчанского монастыря, которое расположено на средине двора предприятия пи значится архитектурным памятником. Ввиду того, что указанное здание по заключению комиссии пришло в негодность и угрожает обвалом на территории завода, что может иметь человеческие жертвы и, кроме того, не представляет исторической ценности и является помехой предприятию, — просить исполком Сумского облсовета войти в ходатайство перед Советом Министров УССР о снятии указанного здания сучста архитектурного памятника и разрешении на его разборку». У відповідь на це Сумський облвиконком 10 жовтня 1962 року звернувся таємним листом до центральних органів республіки з таким клопотанням: «Виконком Сумської обласної ради депутатів трудящих вважає за необхідне виключити з списків пам’ятників архітектури Сумської області об’єкти, які не являють собою архітектурної та художньої цінності. Деякі такі церкви, раніше включені в списки пам’ятників архітектури, знаходяться на головних вулицях і площах міст, де потрібна перепланіровка і забудова новими будівлями. Так, в місті Путивлі бувший собор Флора і Лавра8* захаращує територію  № 25 і перебуває в аварійному стані. На відбудову та реставрацію собора Флора і Лавра і інших подібних об’єктів, введених раніше до списків пам’ятників архітектури, не раціонально витрачати державні кошти і будівельні матеріали». Такі вироки тодішня компартійна влада винесла ще кільком пам’яткам Глухова, Лебедина. Охтирки, Сум…

Тоді Мовчанський монастир вдалося відстояти, а от муровану Воскресенську церкву кінця XVIII століття було зруйновано. На місцях знищених храмів або взагалі нічого не збудовано, або зведено будівлі, що не мають ніякої історико-архітектурної цінності. Лише на місці зруйнованої Микільської церкви на однойменній горі у 1971 році було поставлено пам’ятник партизанському генералу Сидору Ковпаку. Завдяки розміщенню над річкою на горі у зоні високої композиційної активності цей монумент став помітною домінантою в панорамі міста.

У результаті знесення протягом 1960-1970-х років цілого квартал)’ в центрі Путивля нині його головний майдан з пам’ятником Леніну не має жодної архітектурної домінаї іти. Простір майдану дуже великий і архітектурно зовсім не вирішений, унаслідок чого він більше схожий на сільський вигін. У 1970- 1980-х роках уздовж центральних вулиць міста було збудовано чимало п’ятиповерхових житлових будинків. Вони порушили історично сформовану масштабність архітектурного середовища. Ще один негативний результат такої містобудівної політики — поступова втрата значних історичних будівель і оригінальних споруд традиційної забудови Путивля XIX — початку XX століть.

У цілому для сучасного Путивля характерне дискретне розташування пам’яток культурної спадщини з кількома ділянками високої концентрації цих пам’яток. Цінність містобудівного комплексу Путивля збільшує добра збереженість великих ділянок археологічного культурного шару VIII- XIII століть, фрагментів розпланування XIII-XVI століть та кінця XVIII століття, неповторний природний ландшафт.

Систематичні обміри, фотофіксацію і дослідження архітектурних пам’яток Путивля розпочали у 1957-1958 роках співробітники Київського науково-дослідного інституту теорії та історії архітектури В. Мойссєико, Н. Новаковська, В. Ясієвич, П. Макушенко. Початок практичної реставрації пам’яток архітектури на Сумщині загалом і в Путивлі зокрема датується першою половиною 1950-х років, коли роботи виконувала Чернігівська міжобласна науково-реставраційна майстерня. З другої половини 1960-х років обсяг реставраційних робіт дещо збільшується. Годі всі роботи виконувала Чернігівська майстерня. Для кращої організації робіт у Сумах 1968 року було с творено Сумську реставраційну дільницю Чернігівських майстерень. У 1978 році па базі Сумської дільниці Чернігівських майстерень було створеї ю Сумську госпрозрахункову спеціальну науково-реставраційну виробничу дільницю. Спочатку на території області в структурі Сумської майстерні були дві дільниці — в Сумах та І Іутивлі. Згодом, у міру розширення робіт па пам’ятках архітектури були створені реставраційні дільниці в Охтирці, Глухові, Ромнах. Лебедині. Тростянці.

1960-ми роками датуються перші проекти реставрації архітектурних пам’яток Мовчанського монастиря. Проектно-кошторисну документацію на пам’ятки архітектури для Сумської реставраційної майстерні на початку 1980-х років виконував інститут «Укрпроектреставрація». В 1987 році у Сумах було створено комплексну бригаду від Харківського відділу інституту «Укрпроектреставрація», яка у 1988 році переросла у самостійний комплексний архітектурно-реставраційний відділ. Біля витоків проектної організації стояли В. Ухань (начальник відділу)- В. Трегубов (головний архітектор проектів) та архітектор ІО. Близнюк. Усі вони зробили значний особистий внесок у дослідження і реставрацію пам’яток Путивля. Загалом за період 1968-1995 років сумські реставратори відреставрували понад 50 пам’яток архітектури, утому числі й основні пам’ятки Путивля. Після 1995 року настала криза реставраційної справи в Україні загалом і на Сумщині зокрема, наслідки якої не подолані й досі.