Історія лаврських печер міцно пов’язана з історією Києво-Печерського монастиря. Два стародавніх літописних джерела, що дійшли до наших часів, прояснюють події, пов’язані з виникненням печерного монастиря.
Це "Повість врем’яних літ" Нестора Літописця і "Києво-Печерський Патерик", що становить собою систему легендарних новел, в основі яких лежать перекази XI — XII ст. Цю систему сформували послання києво-печерського ченця Симона, який з 1214 р. став єпископом у Суздалі й Володимирі на Клязьмі (помер 22 травня 1226 р.), та розповіді києво-печерського ченця Полікарпа (згодом архимандрита), записані у 1223 -1233 pp. Автори цих рукописних праць були сучасниками тих далеких подій.
Прп. Антоній прийшов у Київ, "обійшов монастирі всі, і жодного не вподобав". Потім "став ходити він по дебрях і горах, і шукав місця, яке б йому Бог показав". На Печерських пагорбах він знайшов "печерку малу на два сажні", котру колись викопав для самітних молитов пресвітер Іларіон. Прп. Антоній оселився в цій печері "і почав жити тут, молячи Бога, їсти хліб сухий, і то через день, і в міру води споживати, і печеру копати…".
Цю ж оповідь прп. Нестора передано і в "Києво-Печерському Патерику" під назвою "Нестора, мниха обители манастыря Печерьскаго, сказаніе что ради прозвася Печерьскый манастырь. Слово 7". Однак тут викладено дещо іншу версію, за якою прп. Антоній оселився в печері, викопаній варягами, і перебував там у великій помірності. Згодом він пішов на Святу Гору Афон. Ця подія сталася за часів Святополка Окаянного, після вбивства мучеників, благовірних князів Бориса і Гліба.
Повернувшись з Афону, прп. Антоній оселяєтся в Іларіоновій печері. За короткий термін він був "знаний усіма" і "славний у Руській землі… і честьмав". Невдовзі "почала приходити до нього братія… і так зібралося до нього братів дванадцять. І викопали печеру велику, і церкву, і келії. І до цього дня є вони в печері під старим монастирем".
Після цього прп. Антоній закликав братію і мовив до них: "Се Бог нас поєднав, браття, і ви тут від благословення Святої Гори, ігумен Святої Гори постриг мене, а я вас постригав… Живіте осібно, настановлю я вам ігумена, а сам хочу на іншій горі поселитись один, щоб, як звик уже, жити, усамітнившись".
Він поставив їм ігумена на ім’я Варлаам, а "…сам пішов на гору, викопав печеру… і в ній закінчив дні свої, живучи в доброчинності, не виходячи нікуди з печери… у ній же і закінчив життя своє, і жив у доброчесності, і не виходив з печери ніколи й нікуди сорок літ і в ній же лежать мощі йот й до сьогодні".
За легендою, прп. Антоній перед смертю скликав братію, після кількох настанов попрощався з ченцями й віддалився (найімовірніше, до своєї келії), після чого земля в келії завалилася.
Ченці зробили спробу відкопати прп. Антонія, але з одного боку їм перепинив шлях вогонь, а з іншого — вода. Сталася ця подія в 1073 р.
Отак і залишились святі мощі преподобного лежати недоторканими неподалік від того місця, де ще в давнину було викопано церкву прп. Антонія.