До 2004 року цей унікальний твір архітектурного мистецтва стояв напівзруйнованим і виглядав не вишукано, а, навпаки могутньо, монументально, як скелет древнього динозавра. Однак, безсумнівно, його цілком можна реставрувати, що й було успішно зроблено протягом 2004 року.
Про монастирську трапезну палату ми вже згадували. Вона теж дивом збереглася. Розташована на південний схід від собору, замикаючи з цього боку головну площу монастиря. Стоїть вона на косогорі. От як описав її М. Цапенко в згадуваній вище книзі: «Цю відмітну рису — пристосування об’ємно-планувальної структури будинку до конкретних умов місцевості — можна бачити також на прикладі трапезної в ансамблі забутого й зовсім не згадуваного в історії української архітектури ансамблю Софроніївського монастиря в околицях Путивля. Будинок трапезної цього комплексу становить великий інтерес у багатьох відношеннях. Як і Видубицька трапезна*, цей будинок з одного боку був одноповерховим, а з іншого боку — двоповерховим, що було зумовлено рельєфом. Судячи зі збережених фотографій другої половини ХГХ століття, на будинку був двосхилий дах з дуже високими фронтонами на причілках, що дуже нагадує будинок Лизогуба в Чернігові. Найвизначніше ж у цій чудовій пам’ятці — це інтер’єр головного залу. Всі вищерозглянуті трапезні були безстовиними, циліндричне склепіння спиралося на зовнішні стіни. Софроніївська трапезна є рідкісним в Україні прикладом двостовп-ного залу. Два могутніх стовпи по поздовжній осі приміщення слугують опорами для склепіння досить складної форми (склепіння нагадує хрестове, зі слабко виявленими ребрами перетину). Той факт, що Софроніївська пам’ятка значно відрізняється від розглянутих (українських трапезних), можна пояснити тим, що район Путивля входив у сферу впливу російської архітектури».
Щодо датування трапезного корпусу в літературі немає ніяких указівок. На підставі аналізу архітектурних форм і конструкцій ми датуємо її зламом XVII-XVIII століть.
У 1957 році група вчених з Київського науково-дослідного інституту теорії та історії архітектури, у складі якої були такі корифеї, як нині вже покійні архітектор П. Макушенко і доктор архітектури В. Ясієвич, зуміла добратися до Софроніївського монастиря. Вони провели на його руїнах кілька днів, вивчили й зафіксували залишки споруд. Ми тут публікуємо їхні обмірні кресленики трапезної. З них видно, що трапезна з боку собору (із заходу) мала ґанок на двох колонках. А в напівпідвальному приміщенні був ще один зал, про який М. Цапенко чомусь не згадує: це класичний для російських монастирських трапезних квадратний зал, склепіння якого спираються на центральний, квадратний у перерізі, стовп.
Як видно з креслеників і фотографій, зовнішній декор трапезної суворий і лаконічний. Чи був він таким завжди — сказати важко: занадто значні руйнування на фасадах. Однак це не значить, що будинок трапезної в технічному відношенні безнадійний.
Навпаки, простоявши стільки часу в таких моторошних умовах, він довів, що наші предки дійсно вміли будувати на віки! Придивімося у важніше: товсті цегляні стіни, ретельно вимуровані з добре випаленої цегли на міцному вапняному розчині арки і склепіння, могутні ковані залізні затяжки… Будинок може ще простояти не одне століття. Необхідно тільки реставрувати його з належними любов’ю і ретельністю. Ці роботи вже розпочалися в 2004 році.
На кінець XIX століття в Софроніївському монастирі було ще кілька мурованих корпусів так званої цивільної архітектури: іконописна майстерня, складський корпус, пекарня, готелі для прочан. Усі вони зображені на плані, але зараз від них не залишилося і сліду.
Крайню південну частину монастирського пагорба займає дуже імпозантний будинок нового лікарняного корпусу, побудованого в 1911 році. Будинок непогано зберігся. Він двоповерховий, прямокутний у плані, коридорної системи розпланування. По центру корпусу розташований великий зальний об’єм лікарняної церкви. Корпус має дуже добре пророблений архітектурний декор на фасадах з пишно профільованими карнизними тягами, лиштвами, різноманітними півколонами. Усе це з арсеналу форм неоросійського стилю. Дуже складні декоративні деталі з високою точністю набрані з фасонної цегли, що свідчить про найвищу якість будівельних робіт. З усіх уцілілих будівель монастиря це найменш зруйнована і швидше за інші піддається відновленню.
У старих книгах згадується монастирська мурована огорожа заввишки до двох сажнів (4,26 метра). Вона частково збереглася біля нового лікарняного корпусу, де ми можемо побачити й південну монастирську браму, що веде до одного з печерних комплексів під горою. Південна брама має традиційний архітектурний устрій: вонатридільна, аркова, з середньою аркою, удвічі ширшою й у півтора рази вищою за бічні. Вінчає цю пірамідальну композицію типовий російський кокошник, над яким колись підносилася цибуляста банька з хрестом.
Однак найцікавіша й найзагадковіша частина монастиря -підземна. І справа не лише в тім, що навіть при побіжному огляді видні провали й ознаки підземних порожнин. На східних схилах Чудної гори є декілька печерних комплексів, викопаних у лесових грунтах на зразок знаменитих печер Києво-Печерської лаври. Частина цих печер розчищена, інші ще практично не досліджені. Вік найстаріших печер фахівці датують XIII-XIV століттями, що нібито підтверджує версію про первісне заселення цих місць ченцями, котрі вийшли з Києво-Печерського монастиря в часи татарських лихоліть.