Період належності Києва до Російської імперії позначений кількома католицькими новобудовами. Після приєднання Києва до Московського царства та царського указу 1660 р. про виселення з міста всіх поляків, католицьких костьолів у місті не було до 1799 р. Єдиний вцілілий з костьолів Подолу — домініканський — переосвятили в 90-х pp. XVII ст. на церкву. Лише через століття, після поділу Польщі, коли 1797 р. до Києва було адміністративно приєднане правобережне довкілля, населене польським дворянством, у місті знов постав католицький костьол. Київсько-Житомирська діоцезія була тоді з’єднана з Луцькою, а Київ став столицею губернії.
tyle=’text-indent:20.0pt’>Близько 1797 р. могильовський католицький єпископ С. Сестенцевич почав клопотання у київській адміністрації про дозвіл на будівництво костьолу. Це був час царювання Павла І, який, проводячи анти єкатериненську політику, благоволив до католицтва і поляків. Царським розпорядженням від 19 квітня 1799 р. у Києві дозволялось збудувати римо-католицький костьол. Щоправда, приписувалось, що споруда мала бути найскромніших розмірів і вигляду. Міститись храм мав на Печерську — новому російському дворянському аристократичному районі, який формувався поблизу Московської фортеці.
Будівництво було проведене швидко й у тому ж 1799 р. на новому базарі (близько теперішньої Печерської площі) постав дерев’яний костьол св. Миколая. Його опис (за переказами) наводить К. Іваницький: найскромніша будова, позбавлена виразних архітектурних рис. «звичайний чотиригранник-, покритий двосхилим дахом. Ні креслень, ні розмірів, ні точного місцезнаходження, ні докладнішої характеристики цього костьолу ми не маємо. Опікували храм домініканці, які прибули з монастиря в Чорнобилі. У 1817 р. костьол згорів (так зазначають М. Закревський. А. Стороженко. В. Цеховський). К. Іваницький «подовжує- споруді існування до часу пожежі на Печерсмсу 1843 р. Можливо, ця дата є виправданою — лише 1842 р. освятили новий київський католицький костьол, а в проміжку цих років (від 1817 до 1843 pp.) католицька громада десь мала ж відбувати службу". Дерев’яний храм міг бути легко поновлений, але його руйнація від пожежі 1817 р. стала додатковим приводом для клопотання про будівництво нового кам’яного католицького храму.