Найцікавішою знахідкою постало відткриття двох древніх відгалужень печер, які дістали назву "ділянка Нестора" та "ділянка Меркурія".

"Ділянка Нестора", на якій побували археологи ще в 30-ті роки, має довжину 76,5 м. Тут зафіксовано келії, поховальні ніши, а також графіті — настінні написи, прокреслені гострим предметом на грунті.

У своїй більшості це написи першої чверті XVII ст., зроблені руською, церковнослов’янською, польською і вірменською мовами, які повідомляють ім’я, прізвище, дату відвідання печер. Особливий інтерес викликає розміщений понад входом до келії, що міститься в кінці ділянки, давньоруський напис, датований XII ст. Текст, що зберігся, засвідчує: "У 1150 році викопали це місце для покладення (тіла)…" На "ділянці Меркурія" (протяжність 65 м) виявлено кладку з давньоруської цегли-плінфи, фрагменти розпису на грунті й дерев’яний стовп. Радіовуглецевий аналіз дерева довів, що воно відноситься до XII століття.

У келіях, криптах, нішах і просто в печерних ходах було знайдено польсько-литовські, руські монети та одна турецька; дерев’яні нагрудні хрести; фрагменти виробів з кераміки, скла, дерева і шкіри; плінфа й цегла; шкіряні чернечі паски з тисненим зображенням двана-десятих свят, хрести-параманди. Матеріал датується як XI -XVII ст., так і ХГХ-ХХст.

Археологічні дослідження в Ближніх печерах заповідника збагатили науку цінним архітектурним, історичним, археологічним, палеографічним матеріалом.

У 1988 p., рік святкування 1000-ліття Хрещення Київської Руси-України, Нижня територия лаври була передана в безвідплатне користування Українській Православній Церкві (Московський Патріархат). Тут відкрилася Духовна Семінарія, а згодом і Духовна Академія.